La Iglesia Evangélica Española (IEE) practica una gobernanza presbiteriana-sinodal, lo que significa que su modo de gobierno es de carácter democrático representativo (presbiteriano), y que existe una solidaridad corresponsable entre las iglesias locales que la conforman (sinodal). Esta gobernanza se realiza en tres niveles: local, presbiteral (regional) y general.
Iglesia localLa Iglesia local es la forma básica del cristianismo protestante. Su misión es ser un terreno de cultivo para la fe y la vida evangélica, a través de la palabra y los sacramentos. La iglesia, reunida en Asamblea, elige a los integrantes del Consejo de iglesia, que ejerce su representación, y configura y planifica la vida comunitaria. Además de los miembros elegidos por la Asamblea, quienes ejercen el ministerio pastoral forman parte también del Consejo de iglesia en razón de su oficio.
PresbiterioEl Presbiterio es la asociación de dos o más iglesias locales en un determinado territorio, para una mayor eficacia en el ejercicio de su misión y sus ministerios. El Presbiterio administra las propiedades de la IEE, y es responsable y ejerce su supervisión sobre los ministerios desempeñados en su ámbito. El órgano de toma de decisiones de un presbiterio es el Sínodo o Asamblea Presbiteral, formado por representantes elegidos por las iglesias locales, además de por quienes ejercen el ministerio pastoral en dichas iglesias y por quienes resultan elegidos por el propio Sínodo como miembros del Consejo o Mesa Presbiteral, que es su órgano ejecutivo. El Consejo o Mesa Presbiteral ejerce la representación del Presbiterio, y promueve la vida eclesial y la colaboración entre las iglesias locales de su ámbito. Los pastores y pastoras de cada Presbiterio pueden constituir consejos o equipos pastorales para la coordinación y colaboración en el desempeño de su ministerio.
Sínodo GeneralEl Sínodo General es la máxima autoridad en todo lo atañe a la comunión de iglesias locales que es la IEE. Se reúne de forma ordinaria cada dos años, y está compuesto por representantes de las iglesias locales y los presbiterios, además de por los ministerios autorizados por el propio Sínodo y por los miembros de la Comisión Permanente, que es su órgano ejecutivo, y que ostenta su representación y autoridad entre sínodos.
El Ministerio PastoralEl Ministerio Pastoral es el área de trabajo de los pastores y pastoras. Esta función incluye la dirección de los servicios religiosos (cultos), la predicación, y la celebración del Bautismo y de la Cena del Señor; así como el acompañamiento pastoral. Celebran confirmaciones, bendiciones de pareja y exequias, e imparten formación bíblica y dirigen la preparación para la confesión de fe (confirmación). Quienes ejercen el ministerio pastoral forman parte también, en razón de su oficio, de la representación de sus iglesias locales en los sínodos presbiterales y generales.