Comisión Permanente
La Comisión Permanente es el cuerpo directivo de la Iglesia, nombrada por el Sínodo por un período de 4 años. La que actualmente preside la vida de la iglesia está compuesta por los siguientes miembros.
- Presidente: Pastor Alfredo Abad
- Vicepresidente: Pastora Marta López Ballalta
- Secretario Primero: Pastor Israel Flores Olmos
- Secretaria Segunda: Dña. Dámaris Ruiz
- Tesorero: Dña. Ruth Camacho
- Vocal Primero: Pastor David Manzanas
- Vocal Segundo: Pastor Mariano Arellano
Presbiterios
Territorialmente, la Iglesia Evangélica Española está dividida en Presbiterios. Se denomina presbiterio al conjunto de dos o más iglesias locales agrupadas para una mejor eficacia y colaboración en su ministerio por razones de proximidad geográfica, cultural o lingüística. Actualmente la IEE está dividida en siete presbiterios. Cada presbiterio está presidido por una Mesa nombrada por el Sínodo Regional.